干细胞与免疫细胞主要在起源及分布、功能两方面存在不同。免疫细胞由多能干细胞分化而成，而干细胞是人体造血的主要起始细胞。干细胞可以分化成造血的各种细胞，如粒细胞、红细胞、形成血小板的巨核细胞以及免疫细胞。免疫细胞指一类细胞，在临床上主要指参与人体固定免疫的固定免疫细胞，还有呈递抗原的细胞，以及适应性的免疫细胞。
1、起源及分布：多认为干细胞主要来源于组织胚胎，可分为多能干细胞和全能干细胞，分布于人体的多个组织和器官中，如脂肪、血液、肌细胞、神经组织等。免疫细胞主要来自骨髓的多能干细胞，分布于人体的扁桃体、淋巴结、胸腺、骨髓等部位；
2、功能：干细胞具有多向分化的能力，在适宜的环境和刺激下，可分化多种细胞、组织，甚至弥补器官的损伤，如患者患有急性白血病或其他恶性血液系统疾病时，可进行干细胞的移植，即骨髓移植，为患者补充造血的干细胞，缓解症状。免疫细胞主要是指参与人体免疫应答和免疫应答相关的细胞，可识别致病菌、机体异变细胞，以及其他机体外来异物，并进行杀死和处理，还可在癌细胞出现的早期清除癌细胞，防止癌细胞的增殖。
